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Come installare OpenMRS (Open Medical Record System) su Debian 11

Su questa pagina

  1. Prerequisiti
  2. Installa Java 8
  3. Installa MySQL Server 5.6
  4. Installa Tomcat 7
  5. Crea un file di servizio Systemd per Tomcat
  6. Installa OpenMRS
  7. Accedi all'installazione guidata di OpenMRS
  8. Conclusione

OpenMRS è l'acronimo di \Open Medical Record System\, è un sistema di archiviazione e recupero di cartelle cliniche elettroniche (EMR) gratuito, open-source ed efficiente. È usato per il trattamento di milioni di pazienti affetti da HIV/AIDS e tubercolosi (TBC) nei paesi in via di sviluppo. Il suo obiettivo principale è quello di sviluppare software per fornire assistenza sanitaria nei paesi in via di sviluppo. Consente lo scambio di dati del paziente con altri sistemi di informazione medica. È scritto in Java e fornisce una dashboard web user-friendly per la gestione delle cartelle cliniche elettroniche attraverso il browser web.

In questo post, ti mostreremo come installare OpenMRS Medical Record System su Debian 11.

Prerequisiti

  • Un server che esegue Debian 11.
  • Sul server è configurata una password di root.

Installa Java 8

OpenMRS è un'applicazione basata su Java e supporta solo Java versione 8. Quindi dovrai installare Java 8 sul tuo server. Per impostazione predefinita, Java 8 non è incluso nel repository predefinito di Debian 11. Quindi dovrai scaricarlo e installarlo dal loro sito Web ufficiale.

Innanzitutto, crea una directory per Java usando il seguente comando:

mkdir -p /usr/lib/jvm/

Successivamente, estrai il file sorgente Java scaricato con il seguente comando:

tar -zxvf jdk-8u281-linux-x64.tar.gz -C /usr/lib/jvm/

Successivamente, installa Java 8 utilizzando il seguente comando:

update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk1.8.*/bin/java 1

Una volta installato Java, verifica la versione di Java utilizzando il seguente comando:

java -version

Otterrai il seguente output:

java version "1.8.0_281"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_281-b09)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.281-b09, mixed mode)

Installa MySQL Server 5.6

OpenMRS supporta solo MySQL versione 5.6. Per impostazione predefinita, MySQL 5.6 non è disponibile nel repository predefinito di Debian 11. Quindi dovrai installarlo dalla fonte.

Innanzitutto, crea un utente e un gruppo per MySQL utilizzando il seguente comando:

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Successivamente, scarica il sorgente MySQL 5.6 con il seguente comando:

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Una volta scaricato MySQL, estrailo con il seguente comando:

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Successivamente, sposta la directory estratta in /usr/local con il seguente comando:

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Successivamente, vai alla directory /usr/local e imposta la proprietà corretta con il seguente comando:

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Successivamente, installa le dipendenze richieste utilizzando il seguente comando:

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Successivamente, installa MySQL con il seguente comando:

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Otterrai il seguente output:

You can start the MySQL daemon with:

  cd . ; ./bin/mysqld_safe &

You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl

  cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl

Please report any problems at http://bugs.mysql.com/

The latest information about MySQL is available on the web at

  http://www.mysql.com

Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com

New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Quindi, imposta la proprietà corretta sulla directory MySQL e sulla directory dei dati:

chown -R root .
chown -R mysql data

Successivamente, copia il file di configurazione MySQL e il file di servizio:

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Successivamente, avvia il servizio MySQL in modalità provvisoria:

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Quindi, imposta la password di root MySQL con il seguente comando:

bin/mysqladmin -u root password newpassword

Quindi, crea un collegamento simbolico del binario mysql usando il seguente comando:

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Infine, riavvia il tuo server con il seguente comando:

reboot

Dopo il riavvio del sistema, avvia il servizio MySQL e abilitalo per l'avvio al riavvio del sistema:

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Puoi anche controllare lo stato del servizio MySQL con il seguente comando:

/etc/init.d/mysql.server status

Otterrai il seguente output:

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL
     Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:35:35 UTC; 5s ago
       Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
    Process: 415 ExecStart=/etc/init.d/mysql.server start (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Tasks: 22 (limit: 4679)
     Memory: 460.5M
        CPU: 826ms
     CGroup: /system.slice/mysql.server.service
             ??422 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/debian11.pid
             ??530 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/p…

Mar 25 14:35:34 debian11 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Mar 25 14:35:34 debian11 mysql.server[415]: Starting MySQL
Mar 25 14:35:35 debian11 mysql.server[415]: ..
Mar 25 14:35:35 debian11 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Una volta terminato, puoi procedere al passaggio successivo.

Installa Tomcat 7

Successivamente, dovrai installare Tomcat per distribuire OpenMRS.

Innanzitutto, crea un utente e un gruppo per Tomcat con il seguente comando:

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Successivamente, scarica Tomcat 7 con il seguente comando:

wget https://archive.apache.org/dist/tomcat/tomcat-7/v7.0.109/bin/apache-tomcat-7.0.109.tar.gz

Successivamente, crea una directory per Tomcat ed estrai il file scaricato nella directory /opt/tomcat:

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-7.0.109.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Successivamente, vai alla directory /opt/tomcat e imposta i permessi e la proprietà appropriati:

cd /opt/tomcat
chgrp -R tomcat /opt/tomcat
chmod -R g+r conf
chmod g+x conf
chown -R tomcat webapps/ work/ temp/ logs/

Una volta terminato, puoi procedere al passaggio successivo.

Crea un file di servizio Systemd per Tomcat

Successivamente, dovrai creare un file di servizio systemd per gestire il servizio Tomcat. Puoi crearlo con il seguente comando:

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Aggiungi le seguenti righe:

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Salva e chiudi il file, quindi ricarica il demone systemd per applicare le modifiche:

systemctl daemon-reload

Successivamente, avvia il servizio Tomcat con il seguente comando:

systemctl start tomcat

Ora puoi controllare lo stato del servizio Tomcat con il seguente comando:

systemctl status tomcat

Otterrai il seguente output:

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:38:45 UTC; 5s ago
    Process: 648 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 655 (java)
      Tasks: 28 (limit: 4679)
     Memory: 136.3M
        CPU: 4.124s
     CGroup: /system.slice/tomcat.service
             ??655 /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.logging>

Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Mar 25 14:38:45 debian11 startup.sh[648]: Tomcat started.
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

A questo punto, Tomcat viene avviato ed è in ascolto sulla porta 8080.

Installa OpenMRS

Innanzitutto, crea una directory per OpenMRS e imposta la proprietà corretta con il seguente comando:

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Quindi, scarica l'ultima versione di OpenMRS usando il seguente comando:

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.0/openmrs.war

Una volta completato il download, copia il file scaricato nella directory webapps di Tomcat:

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Successivamente, cambia la proprietà del file openmrs.war in tomcat:

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Una volta terminato, puoi procedere al passaggio successivo.

Accedere all'installazione guidata di OpenMRS

Ora apri il browser web e accedi all'installazione guidata web di OpenMRS utilizzando l'URL http://your-server-ip:8080/openmrs. Dovresti vedere la schermata di selezione della lingua di OpenMRS:

Seleziona la tua lingua e fai clic sul pulsante =>. Dovresti vedere la schermata Tipo di installazione.

Selezionare il tipo di installazione desiderato e fare clic sul pulsante =>. Dovresti vedere la seguente schermata:

Fornisci la tua password di root MySQL, annota la password dell'amministratore e fai clic sul pulsante =>. Dovresti vedere la seguente schermata:

Fare clic sul pulsante => per creare un database per OpenMRS e completare l'installazione.

Ora, apri il tuo browser web e accedi all'interfaccia di amministrazione di OpenMRS utilizzando l'URL http://your-server-ip:8080/openmrs. Dovresti vedere la schermata di accesso di OpenMRS:

Fornire il nome utente predefinito come admin e la password come Admin123, quindi fare clic sul pulsante LOG IN. Dovresti vedere la dashboard di OpenMRS nella schermata seguente:

Conclusione

Congratulazioni! hai installato con successo OpenMRS su Debian 11. Ora puoi archiviare e gestire facilmente le cartelle cliniche elettroniche tramite un browser web. Non esitate a chiedermi se avete domande.